Das Innovationsbüro unterstützt auf der einen Seite das Ministerium in der Umsetzung des neuen agrarpolitischen Instruments EIP und koordiniert die Projektarbeit.
Gleichzeitig bietet das Innovationsbüro den Operationellen Gruppen Information, strategische Hilfestellung und Unterstützung bei der Planung, Umsetzung und Abwicklung ihrer Projektideen an. Die Vernetzung der Gruppen untereinander innerhalb Schleswig-Holsteins und in der Norddeutschen Kooperation mit Niedersachsen und Mecklenburg-Vorpommern ist eine weitere wichtige Aufgabe. Ebenso koordiniert das IB die Zusammenarbeit mit der DVS und den europäischen Partnern. Durch aktive Öffentlichkeitsarbeit wird der Informationsaustausch über die Projektergebnisse gewährleistet und der gewünschte Wissenstransfer in die Praxis unterstützt.